Wzrost aktywności fosfatazy alkalicznej obserwuje się w procesach chorobowych, którym towarzyszy upośledzenie wydzielania żółci, czyli zamknięcie dróg żółciowych przez kamień lub nowotwór, żółtaczka wątrobowa wywołana zapaleniem wątroby ( wirusowe, autoimmunologiczne, toksyczne), marskość wątroby, stłuszczenie wątroby, jak również w stanach nadmiernej aktywności komórek kościotwórczych- choroba Pageta, nadczynność przytarczyc, nowotwory kości i niedobry witaminy D. Obniżona aktywność fosfatazy alkalicznej jest obserwowana stosunkowo rzadko, wynika z dziedzicznej choroby, charakteryzującej się krzywicą i innymi zaburzeniami ze strony układu kostnego ( np. wypadanie zębów ).

Wszystkie osoby z objawami mogącymi świadczyć o zaburzeniach czynności wątroby lub nerek powinni wykonać badanie ALP. Najczęstsze objawy które mogą towarzyszyć w przypadku podwyższonych wyników to : zażółcenie skóry, swędzenie , ból brzucha i wymioty, ból kości i stawów.